A seguito di eventi atmosferici disastrosi (tromba d’aria) e incuria,nel 1985 il Sindaco di Ariano Polesine rende inagibile la Chiesa. I lavori di restauro si sono protratti per sette anni, con due campagne di scavi archeologici seguiti dalla Sovrintendenza dei beni artistici ed architettonici di Verona.(27/02/1992-16/06/1994 e 25/05/1998-18/11/1999). Notevoli e molto interessanti i ritrovamenti fatti sotto il pavimento della chiesa (in parte visibili)con apposite "finestre".